Hlavné pojednávanie sa začína zhodne ako sa začínalo aj za právnej úpravy účinnej do 31.12.2005 a to tak, že predseda senátu (samosudca) oznámi vec, ktorá bude prejednávaná. Jediným rozdielom je zmena pojmov, keď pojem "otvorí" uvedený v ustanovení § 205 ods. 1 TP účinného do 31.12.2005 nahradil pojem "začína" uvedený v § 255 ods. 1 TP Nie je zrejmé, čo viedlo zákonodarcu k tomu, že zmenil tieto pojmy a ani dôvodová správa k Trestnému poriadku účinnému od 1.1.2006 neuvádza nič z čoho by sa dalo usudzovať na zmenu zaužívanej terminológie. Predseda senátu (samosudca) by preto pri začatí hlavného pojednávania mal použiť pojem "začína", avšak ak sa tak nestane a predseda senátu použije pojem "otvára" (respektíve takýto pojem je uvedený aj priamo v zápisnici z hlavného pojednávania) nejde o žiadne procesné pochybenie, keďže hlavné pojednávanie je začaté neformálnym oznámením veci a je bez významu, či sa pritom vyslovene použije pojem "otvára" alebo "začína".
Potom ako predseda senátu neformálnym spôsobom začne hlavné pojednávanie (ide v podstate o jednu vetu, ktorou sa oznámi vec, ktorá bude prejednávaná s tým, že sa vychádza z podanej obžaloby a vec sa oznámi tak, že sudca uvedenie právnu kvalifikáciu skutku z obžaloby ako aj meno a priezvisko obžalovaného, na ktorého bola podaná obžaloba), už nie je možné rozhodnúť postupom podľa § 241 TP, respektíve podľa § 244 TP. Spôsob rozhodovania podľa týchto ustanovení je viazaný len na štádium, ktoré predchádza hlavnému pojednávaniu, t.j. podľa uvedených ustanovení sa dá rozhodnúť len v štádiu konania pred súdom, ktoré sa týka preskúmania a predbežného prejednania obžaloby. Vec už nemožno rozhodnúť ani trestným rozkazom, avšak ak už bol trestný rozkaz vydaný a hlavné pojednávanie bolo nariadené, pretože bol voči trestnému rozkazu podaný oprávnenou osobou a v zákonnej lehote odpor, možno ešte v tejto fáze hlavného pojednávania (do prednesenia obžaloby prokurátorom) vziať odpor právne účinne späť. Ak sa tak stane a samosudca vezme späťvzatie odporu na vedomie uznesením podľa § 355 ods. 9 TP (postačí uvedenie uznesenia do zápisnice o hlavnom pojednávaní, netreba ho ešte aj osobitne vyhotovovať), tak trestný rozkaz nadobúda právoplatnosť a hlavné pojednávanie sa tým končí.
V takýchto prípadoch je preto vhodné, aby samosudca zistil hneď po začatí hlavného pojednávania (resp. ešte pred jeho začatím), teda pred tým, ako bude zisťovať prítomnosť všetkých osôb a dodržanie lehoty na prípravu, či osoba, ktorá odpor podala na ňom aj naďalej trvá. Samosudca, nie je oprávnený zisťovať prečo oprávnená osoba nechce vziať späť odpor podaný proti trestnému rozkazu. Ak sa osoba, ktorá odpor voči trestnému rozkazu podala, vyjadrí, že na ňom trvá, samosudca vyjadrenie zaprotokoluje a ďalej pokračuje v hlavnom pojednávaní. Ani ostatné strany, ktoré odpor nepodali, nie sú oprávnené spytovať sa osoby, ktorá odpor podala, prečo ho podala, respektíve prečo na jeho podaní trvá, a ak sa tak stane, musí samosudca takýmto otázkam zamedziť.
V ďalšom priebehu hlavného pojednávania predseda senátu musí zisťovať prítomnosť osôb, ktoré boli na hlavné pojednávanie predvolané alebo boli o ňom upovedomené. Prítomnosť zisťuje predseda senátu tak, že vyvolá mená osôb, ktoré boli predvolané (napríklad obžalovaného, svedkov) a ak sú prítomné tak si vyžiada ich doklad totožnosti (spravidla občiansky preukaz, prípadne cestový doklad, avšak môže ísť aj o služobný preukaz, či potvrdenie o strate občianskeho preukazu a podobne). Zisťuje aj prítomnosť upovedomených osôb (obhajcu, prokurátora). Nie je nevyhnutné, aby predseda senátu žiadal doklad totožnosti od osôb, ktoré už pozná z vlastnej rozhodovacej činnosti. Napríklad prokurátor, ktorému boli pridelené veci na konkrétny pojednávací deň nebude preukazovať svoju totožnosť po začatí hlavného pojednávania v každej jednej veci a ak na konkrétnom súde s konkrétnymi sudcami pojednáva prokurátor dlhšiu dobu, nemusí totožnosť preukazovať vôbec, nakoľko je predsedovi senátu jeho totožnosť známa (tak to bude aj napr. s obhajcami alebo znalcami).
V rámci overovania totožnosti je vhodným, aby predseda senátu zisťoval aj totožnosť ostatných osôb, ktoré sa na hlavné pojednávanie dostavili a neboli naň predvolané, respektíve o ňom upovedomené, keďže by mohlo ísť o osoby, ktoré by mohli prichádzať do úvahy ako svedkovia (v praxi sa stáva, že napr. rodinní príslušníci obžalovaného, či poškodeného prídu na hlavné pojednávanie ako verejnosť, avšak neskôr, počas dokazovania, sa zistí potreba, vypočuť ich k veci). V takýchto prípadoch, by mal predseda senátu postupovať podľa § 261 ods. 2 veta prvá TP Z uvedeného vyplýva určitý rozpor medzi zásadou verejnosti súdneho konania (t.j. zásady, že každý sa ako verejnosť môže zúčastniť na hlavnom pojednávaní bez toho, aby bola zisťovaná jeho totožnosť) a zásadou, aby ešte nevýsluchnutý svedok nebol v pojednávacej miestnosti pri výsluchoch obžalovaného, či svedkov a nebola tak ovplyvnená jeho následná svedecká výpoveď. V tomto prípade by však zásada náležitého zisťovania skutkového stavu veci mala mať prednosť pred zásadou verejnosti, ktorú možno obmedziť tak, že predseda senátu neformálne zistí, či ostatné osoby, ktoré sa nachádzajú v pojednávacej miestnosti neprichádzajú do úvahy ako svedkovia, prípadne si k tomu vyžiada aj vyjadrenia strán. Napokon, súdne konanie sa síce koná verejne, avšak nie kvôli verejnosti.
Problematickými sú prípady, ak napríklad predvolaná osoba nepredloží žiadny hodnoverný doklad totožnosti (uvedie, že ho stratila, či zabudla). Ak konajúci predseda senátu nepozná túto osobu (napr. obžalovaného alebo svedka) z vlastnej rozhodovacej činnosti, v ktorej už bola jej totožnosť dostatočne zistená (napríklad v osobe obžalovaného ide o recidivistu, ktorého sudca dostatočne pozná z iných jeho trestných vecí), nrmožno skonštatovať prítomnosť takejto osoby, pretože sa nedá hodnoverne overiť jej totožnosť tak ako to vyžaduje ustanovenie § 255 ods. 1 TP. Ak ide o osobu, u ktorej možno predpokladať problematické overovanie totožnosti aj do budúcna, bude nutné overiť jej totožnosť v spolupráci s policajnými zložkami.
Ak sa nepodarilo doručiť obžalobu a predvolanie na hlavné pojednávanie obvinenému na adresu, ktorú uviedol v prípravnom konaní a napriek tomu sa na hlavné pojednávanie dostavil, je potrebné, aby súd zisťoval dotazom na obvineného, kde sa v súčasnosti zdržiava, prečo nepreberal zásielky, respektíve kde pracuje a podobne. Táto forma dopytu na obvineného má charakter predbežného výsluchu obvineného k jeho osobným pomerom, nejde však o výsluch obvineného, ktorému by predchádzalo poučenie. Napriek uvedenému, nemožno nútiť obvineného, aby odpovedal na akékoľvek otázky sudcu, ak tak urobiť nechce1).
Ďalším krokom sudcu po začatí hlavného pojednávania je zistenie, či bola zachovaná lehota na prípravu u osôb uvedených v ustanovení § 247 ods. 1 TP Predseda senátu zachovanie lehoty zisťuje spravidla z doručeniek, ktoré sú založené v spise (ak išlo o doručovanie poštou, či napr. prostredníctvom polície, väznice alebo prostredníctvom zamestnávateľa predvolávanej osoby), avšak do úvahy prichádza aj iný spôsob (napr. zo zápisnice o výsluchu obvineného po realizovaní príkazu na jeho zatknutie, pri ktorom mu bol oznámený a doručený termín hlavného pojednávania). Na to, aby začala plynúť oprávneným osobám lehota na prípravu v zmysle § 247 ods. 1 TP sa vyžaduje, aby boli predvolané, či upovedomené o termíne hlavného pojednávania procesne prípustným spôsobom. Podľa § 66 ods. 1 písm. a) TP treba obvinenému doručiť obžalobu a predvolanie do vlastných rúk, avšak v prípade predvolania na hlavné pojednávanie je prípustným aj tzv. náhradné doručovanie so vznikom fikcie doručenia (§ 66 ods. 3 TP). To platí aj v prípade, ak sa zásielka vráti z adresy, ktorú obvinený na tieto účely uviedol s tým, že adresát je neznámy.
K uvedenému treba dodať, že právna fikcia doručenia môže nastať len v prípadoch doručovania predvolania na hlavné pojednávanie, avšak je vylúčená v prípadoch doručovania obžaloby (pozri k tomu § 66 ods. 3 a 4 TP). Nie je zrejmé, čo viedlo zákonodarcu k takémuto rozličnému spôsobu doručovania obžaloby a predvolania na hlavné pojednávanie, nakoľko v praxi sa spravidla obžaloba doručuje obvinenému spoločne s predvolaním na hlavné pojednávanie. De lege ferenda by bolo vhodným, aby sa umožnil vznik právnej fikcie doručenia aj v prípadoch doručovania obžaloby, pretože obvinený musí už v prípravnom konaní, pred svojim prvým výsluchom, uviesť adresu na ktorú chce doručovať zásielky, vrátane písomností určených do vlastných rúk, ako aj spôsob doručovania, pričom musí byť poučený aj o tom, že ak túto adresu zmení, musí to bez meškania oznámiť príslušnému orgánu (§ 34 ods. 5 TP). Za takejto situácie nie je dôvod vylúčiť vznik právnej fikcie pri doručovaní obžaloby. Napokon, pri obžalobe nejde ani o meritórne rozhodnutie, ktorým by sa končilo alebo mohlo končiť trestné stíhanie (tak ako je to pri trestnom rozkaze, či uznesení o podmienečnom zastavení trestného stíhania, pri ktorých je taktiež vznik právnej fikcie doručenia vylúčený zo zákona) a preto skutočne nie je žiadny dôvod na to, aby doručovanie obžaloby bolo upravené rovnako prísne ako doručovanie konečných meritórnych rozhodnutí.
Pokiaľ ide o doručovanie obžaloby súdom, tak je potrebné skonštatovať, že Trestný poriadok neobsahuje žiadnu určitú lehotu v akej má byť doručená oprávneným osobám po nápade obžaloby na súd. Ustanovenie § 240 ods. 1 TP hovorí len to, že sa tak má stať "bez meškania". Krajský súd v Žiline2) z tohto pojmu vyvodil, že sa tak má stať maximálne v lehote piatich pracovných dní od nápadu obžaloby na súd. V opačnom prípade má ísť, podľa tohto súdu, o porušenie práva obvineného na prejednanie veci bez zbytočných prieťahov, prípadne o porušenie práva obvineného na obhajobu.
Tento právny názor Krajského súdu v Žiline treba označiť za vyslovene pochybný. Podstatou práva na prejednanie veci bez zbytočných prieťahov je to, aby súd vo veci riadne konal, t.j. aby vo veci vykonával úkony smerujúce k ukončeniu veci, respektíve, aby vo veci čo možno najskôr rozhodol. Súd má preto primárne konať a rozhodovať a nie doručovať. Len samotné zaslanie obžaloby oprávneným osobám, bez ďalšieho, nie je úkon súdu smerujúci ku skončeniu veci a preto, ako čisto administratívny úkon, sám o sebe nemá nič spoločné s právom na prerokovanie veci bez zbytočných prieťahov, či s právom obvineného na obhajobu. Ustanovenie § 240 ods. 1 TP o doručovaní obžaloby je potrebné vykladať v spojitosti s § 238 ods. 1 TP, ktoré ukladá súdu povinnosť, po nápade obžaloby na súd, preskúmať nielen obžalobu ale aj kompletný spisový materiál a posúdiť, či predstavuje spoľahlivý podklad na vedenie súdneho konania a či prípravné konanie zodpovedalo ustanoveniam Trestného poriadku. Z uvedeného ustanovenia je zrejmé, že preskúmanie kompletného na vec sa vzťahujúceho spisového materiálu zo strany sudcu by sa malo považovať za prvý krok sudcu vo veci po nápade obžaloby a malo by nasledovať ešte pred doručovaním obžaloby oprávneným osobám. Takéto preskúmanie obžaloby a spisu môže, podľa zložitosti veci, trvať, a spravidla aj trvá, oveľa dlhšie než je subjektívne stanovená lehota piatich pracovných dní. Z ustanovenia § 238 ods. 1 TP možno vyvodiť aj to, že